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-A-

Abridged Index Medicus (AIM): Une bibliographie de la "National Library of Medicine" (NLM) comprenant des articles de 121 périodiques cliniques anglais classés par sujet et par auteur. Cet index a été conçu pour les praticiens et les bibliothèques de petits hôpitaux ou de cliniques. Les publications se sont arrêtées après le fascicule du volume 28, numéro 12 (décembre 1997). Même si AIM a interrompu ses publications, il fait toujours partie des sous-ensembles de limites dans PubMed.

AIDS Subset (Sous-ensemble SIDA): Ce sous-ensemble a été créé pour faciliter la recherche de références sur le SIDA. Il est basé sur les stratégies de recherche utilisées pour créer la base de données AIDSLINE® de la NLM. Ce sous-ensemble peut également être utilisé pour une recherche comme "aids [sb]".

AIDSLINE®: "AIDS Information Online" est une base de données bibliographiques en documentation pour la recherche, les aspects cliniques et les problèmes de politique sanitaire concernant le SIDA ou des sujets apparentés.

AIM: voir Abridged Index Medicus (AIM)

Author Index: voir Index

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-B-

Bioethics Subset (Sous-ensemble Bioéthique): Ce sous-ensemble a été créé par la NLM et le "Kennedy Institute of Ethics" de l'université de Georgetown aux Etats-Unis pour faciliter la recherche de références sur la bioéthique. Ce sous-ensemble peut également être utilisé pour une recherche comme "bioethics [sb]".

Booléen ("Boolean"): Booléen est le nom d'un système logique. L'opérateur "AND" placé entre les termes permet de trouver des références contenant tous les termes entrés. L'opérateur "OR" permet de trouver des références contenant au moins un des termes entrés. L'opérateur "NOT" exclut le terme de la recherche. Attention, soyez prudent lorsque vous utilisez "NOT".

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-C-

Clinical Queries (Questions cliniques): Recherches PubMed spécialisées destinées aux cliniciens pour limiter les résultats aux comptes-rendus de recherches menées avec des méthodologies spécifiques.

Complementary Medicine Subset (Sous-ensemble Médecine alternative): Ce sous-ensemble résulte de l'utilisation de termes de recherche de la branche "Alternative Medicine" MeSH ainsi que de termes et de noms supplémentaires des périodiques MEDLINE fournis par le "National Center for Complementary and Alternative Medicine". Il permet de faciliter la recherche de références sur la médecine complémentaire et alternative. Ce sous-ensemble peut également être utilisé pour une recherche comme "cam [sb]".

Core Clinical Journals (Principaux périodiques cliniques): Ce sous-ensemble de PubMed comprend 121 périodiques cliniques anglais publiés à l'origine dans le Abridged Index Medicus.

Correspondance automatique des termes ("Automatic Term Mapping"): Le procédé utilisé par PubMed pour trouver une correspondance à des termes entrés dans la fenêtre de saisie sans précision de champ ou d'index. Tout d'abord, les termes sont cherchés dans la table de correspondance MeSH (Medical Subject Headings), ensuite dans la table de correspondance des périodiques, puis dans une liste d'expressions et enfin dans un index d'auteurs. Si une correspondance est trouvée dans une table, la recherche s'arrête. Si aucune correspondance n'est trouvée, PubMed relie les termes par l'opérateur "AND" et les cherche dans tous les index ("All Fields").

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-E-

Entrez: Système de recherche informatisé qui contient des informations des bases de données du "National Center for Biotechnology" (NCBI). Ces bases de données incluent les séquences nucléotidiques, les séquences protéiques, les structures macromoléculaires, des génomes complets et MEDLINE par le biais de PubMed.

exploding: voir explosion automatique ("automatic explosion") (explode)

explosion automatique ("automatic explosion") (explode): Dans PubMed, les descripteurs MeSH (Medical Subject Headings) (ainsi que les qualificatifs se trouvant en tête d'une arborescence) sont automatiquement "explosés" pour trouver des références contenant le descripteur MeSH (ou le qualificatif) spécifié ainsi que les descripteurs MeSH (ou qualificatifs) spécifiques associés placés en dessous dans l'arborescence.

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-F-

favorites: voir liens ("bookmarks")

fenêtre de saisie ("query box"): la fenêtre active en haut de chaque page PubMed où vous entrez vos termes de recherche.

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-G-

GenBank®: La base de données en séquences génétiques du "National Institutes of Health" (NIH). GenBank est un catalogue annoté de toutes les séquences ADN disponibles pour le grand public.

Genome database (base de données sur le génome): La base de données sur le génome Entrez du "National Center for Biotechnology" (NCBI) comprend les génomes complets de plus de 600 organismes. Les génomes appartiennent à des organismes dans lesquels le séquençage est terminé et d'autres dans lesquels le séquençage est en cours. Les trois grandes composantes de la vie ("bacteria", "archaea" et "eukaryota") sont représentées ainsi que de nombreux virus et maladies mitochondriales.

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-H-

History of Medicine Subset (Sous-ensemble Histoire de la médecine): Ce sous-ensemble a été créé par la division "History of Medicine" de la NLM pour faciliter la recherche de références sur l'histoire de la médecine. Ce sous-ensemble peut également être utilisé pour une recherche comme "history [sb]".

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-I-

Index: Une liste alphabétique de termes trouvés dans les références de la base de données avec leur fréquence d'apparition. PubMed comprend plusieurs index, dont l'index "All Fields" (tous les champs), ainsi que des index de champs spécifiques tels que "Author Name" (nom de l'auteur), "Title Word" (mots du titre) et "Text Word" (texte).

Index Medicus: Une liste de références bibliographiques de plus de 3 500 articles de périodiques biomédicaux du monde entier qui comprend des classifications par sujet et auteur ainsi qu'une section "Bibliography of Medical Reviews" (Bibliographie de synthèses médicales). Elle représente la version imprimée de MEDLINE.

In Process (en cours de traitement): références actuellement soumises à un contrôle de qualité et à une mise à jour pour ajouter des descripteurs MeSH. Ces références sont suivies de la mention [PubMed - in process].

ISSN: "International Standard Serial Numbers" (numéro international normalisé d'une publication en série). C'est un code unique utilisé pour identifier des publications en série telles que les périodiques, les journaux, les annuaires, les revues et les collections de monographies.

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-L-

Liens ("bookmarks"): Les liens sauvegardent les adresses de vos sites préférés pour vous permettre d'y retourner rapidement sans entrer l'adresse à nouveau. Dans PubMed, les liens sont utilisés pour sauvegarder des stratégies de recherche. Dans certains navigateurs, les liens sont appelés les favoris ou les signets.

LinkOut: Permet aux éditeurs, aux aggrégateurs, aux bibliothèques, aux bases de données en biologie, aux centres de séquençage et à d'autres ressources Internet d'afficher des liens vers leurs sites à côté des références des bases de données Entrez (dont PubMed). Ces liens vous permettent d'accéder au site du fournisseur pour obtenir le texte intégral d'un article ou d'une ressource apparentée comme, par exemple, des informations sur la santé pour les consommateurs. Sur certains sites, l'accès aux textes ou aux informations peut être payant.

Liste d'expressions ("Phrase List"): La liste d'expressions de PubMed est une liste alphabétique de quelques centaines de milliers d'expressions composées de descripteurs MeSH, des termes du "Unified Medical Language System" et des noms de substances chimiques.

Loansome Doc: Une option de PubMed qui permet aux utilisateurs de commander des documents de référence trouvées dans MEDLINE®. Cette option est accessible par les utilisateurs du monde entier.

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-M-

Medical Subject Headings: voir MeSH.

MEDLINE®: La base de données en ligne de la "National Library of Medicine" (NLM) qui contient plus de 14 millions d'articles biomédicaux remontant jusqu'aux années 50.

MedlinePlus®: MedlinePlus de la "National Library of Medicine" (NLM) est une base de données en ligne qui vous aide à trouver des informations sur la santé faisant autorité. Elle comprend des liens soigneusement sélectionnés vers des ressources Internet telles que des dictionnaires, des répertoires, des organismes, des nouvelles ressources et des informations sur la santé.

MeSH: Le thésaurus, vocabulaire contrôlé de la "National Library of Medicine" (NLM).

MeSH Major Topic: Les concepts MeSH qui représentent les points principaux d'un article.

mots vides ("stopwords"): Une liste de termes communs ou généraux (par exemple, des prépositions ou des articles) que PubMed ne trouve pas dans sa recherche car ils apparaissent dans de la plupart des références.

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-N-

Nucleotide database (base de données nucléotidiques): Contient des données sur les séquences nucléotidiques de "GenBank", du "European Molecular Biology Laboratory" (EMBL) et de la "DNA Database of Japan" (DDBJ), les membres de la Coopération tripartite internationale de base de données de séquences. Les données sur les séquences viennent également de la "Genome Sequence Data Base" (GSDB) et celles sur les séquences brevetées sont disponibles grâce aux dispositions prises par le "US Patent and Trademark Office" (US PTO: le bureau des brevets américains) et grâce à la collaboration des bases de données des bureaux des brevets du monde entier.

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-O-

OMIM: "Online Mendelian Inheritance in Man". Un catalogue des gènes humains et des troubles génétiques, conçu et publié par le docteur Victor A. McKusick et ses collègues de l'hôpital Johns Hopkins et d'ailleurs. Il est disponible sur le site du NCBI. La base de données comprend des informations sur les maladies phénotypiques et génétiques, ainsi que des descriptions dtaillées, les noms des gènes, les modes d'hérédité, des cartes de localisation et les polymorphismes génétiques.

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-P-

PMID: L'identificateur unique attribué à une référence lorsqu'elle est enregistrée dans PubMed.

PopSet database (base de données PopSet): Comprend des ensembles de séquences d'études phylogénétiques, sur la population ou la mutation qui décrivent des phénomènes tels que l'évolution et la variation de population.

Protein database (base de données protéiques): Comprend des données sur les séquences protéiques des régions de codage global à partir des séquences ADN de la "GenBank", du "European Molecular Biology Laboratory" (EMBL) et de la "DNA Database of Japan" (DDBJ) ainsi que des séquences protéiques soumises à "Protein Information Resource" (PIR), à "SWISSPROT", à "Protein Research Foundation" (PRF) et à "Protein Data Bank" (PDB).

Publication Types (types de publication): Décrit le type de l'article. Par exemple: "Review" (synthèse bilbiographique), "Clinical Trial" (étude clinique), "Retracted Publication" (publication retirée), "Letter" (lettre).

Publisher-supplied citations (références fournies par l'éditeur): Références de PubMed reçues par courrier électronique de la part des éditeurs. Ces références sont suivies de la mention [PubMed - as supplied by publisher].

PubMed Central: Archive numérique de la documentation en sciences biologiques de la NLM. L'accès à cette documentation est gratuit et n'est pas restrictif.

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-Q-

qualificatifs ("subheadings"): les qualificatifs utilisés par la "National Library of Medicine" (NLM) pour indexer des références avec le MeSH (Medical Subject Headings) dans MEDLINE. Les qualificatifs sont utilisés pour décrire plus en détails un aspect précis d'un concept MeSH

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-R-

Related Articles (articles reliés): Une option de PubMed qui utilise un algorithme de pondération des termes pour comparer les mots du titre, les résumés et les descripteurs MeSH pour définir un ensemble de références étroitement reliées à la référence sélectionnée.

revue indexée de manière sélective ("selectively indexed journal"): Une revue multidisciplinaire pour laquelle la "National Library of Medicine" (NLM) sélectionne uniquement les articles sur la biomédecine et les sciences biologiques pour les indexer dans la base de données MEDLINE.

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-S-

Space Life Sciences Subset (sous-ensemble Sciences de la vie de l'espace): Ce sous-ensemble a été créé par la NLM et le "NASA SPACELINE Office". Il permet de trouver des références intéressantes pour les personnes travaillant dans la recherche en sciences de la vie de l'espace. Ce sous-ensemble peut également être utilisé pour une recherche comme "space [sb]".

Structure database (base de données sur les structures): La "Molecular Modeling Database" (MMDB) comprend des structures protéiques en trois dimensions établies grâce à des expériences.

Systematic Reviews (synthèses bibliographiques systèmatiques): Cette stratégie permet de trouver des références sur des synthèses bibliographiques systématiques, des méta analyses, des comptes-rendus d'études cliniques, la médecine factuelle, des conférences de consensus, des guides et des références tirées de périodiques spécialisés en comptes-rendus d'études intéressant les cliniciens. Ce sous-ensemble peut être utilisé pour une recherche dans la page "Clinical Queries" ou dans PubMed comme "systematic [sb]".

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-T-

table de correspondande des périodiques ("Journals Translation Table"): La table de correspondance des périodiques de PubMed est une liste alphabétique de titres complets de périodiques, de titres abrégés de périodiques MEDLINE et de numéros internationaux normalisés d'une publication en série (ISSNs).

table de correspondance MeSH ("MeSH Translation Table"): La table de correspondance MeSH de PubMed est une liste alphabétique composée de descripteurs MeSH, de qualificatifs, de liens vers "See-References" (voir références) pour des descripteurs MeSH, de correspondances du "Unified Medical Language System", de noms de substances chimiques et de leurs synonymes.

Taxonomy database (base de données Taxinomie): Index de plus de 55 000 organismes représentés dans les bases de données sur les séquences avec au moins une séquence nucléotidique ou protéique. Le navigateur Taxinomie peut être utilisé pour voir la position taxinomique ou pour trouver des données sur les séquences et les structures pour un organisme en particulier ou un ensemble d'organismes.

termes non qualifiés ("unqualified terms"): Termes entrés dans la fenêtre de saisie de PubMed sans label de qualificatif (par exemple: [mh]).

termes qualifiés ("qualified terms"): Termes entrés dans la fenêtre de saisie de PubMed avec un label de qualificatif (par exemple: [mh]).

terme spécifique ("narrower term"): Un terme dont le sens est plus précis que celui du terme générique auquel il est lié dans la hiérarchie.

Toxicology Subset (sous-ensemble Toxicologie): Ce sous-ensemble a été créé par les "Specialized Information Services" de la NLM pour faciliter la recherche de références dans le domaine de la toxicologie. Ce sous-ensemble peut également être utilisé dans une recherche comme "tox [sb]".

TOXNET: TOXNET de la "National Library of Medcine" (NLM) fournit un accès à un ensemble de base de données sur la toxicologie, les produits chimiques dangereux et les domaines apparentés.

troncature: L'utilisation d'un symbole pour rechercher différents termes à partir d'une chaîne de caractères. Le symbole de troncature dans PubMed est "*".

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-U-

UMLS®: voir Unified Medical Language System (UMLS).

Unified Medical Language System (UMLS) (Système de language médical unifié): La Bibliothèque Nationale de Médecine des États-Unis (NLM) a développé et maintient depuis 1989 un système terminologique appelé "Unified Medical Language System" (UMLS). Le Métathesaurus de l'UMLS intègre près de deux millions de termes (dont 22 500 en langue française) provenant d'une cinquantaine de familles de thésaurus dans le domaine biomédical. L'UMLS structure les termes en 800 000 concepts et indique les relations, hiérarchiques ou non, existant entre les concepts.

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